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Redundancia de Contigium en los genomas de los procarióticos. Un nuevo enfoque de la redundancia contigua del NGS en la terminación del genoma
Marcus Braga;Artur Silva;Rommel Ramos (Autor)
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Ediciones Nuestro Conocimiento
· Tapa Blanda
Redundancia de Contigium en los genomas de los procarióticos. Un nuevo enfoque de la redundancia contigua del NGS en la terminación del genoma - Marcus Braga;Artur Silva;Rommel Ramos
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Reseña del libro "Redundancia de Contigium en los genomas de los procarióticos. Un nuevo enfoque de la redundancia contigua del NGS en la terminación del genoma"
Este libro presenta un método computacional para detectar y eliminar los contigentes redundantes de NGS generados por los ensambladores de nuevo. El enfoque utiliza dos técnicas basadas en el hash, un filtro de floración para eliminar los contigentes duplicados y un hash sensible a la ubicación (LSH) para eliminar contigentes similares. Dado que un gran número de contigentes son generados por diferentes ensambladores, estos enfoques requieren considerables recursos computacionales y humanos. La reducción de la redundancia facilita un mayor análisis de los datos y reduce el tiempo necesario para finalizar y curar los ensamblajes genómicos. El ensamblaje híbrido del conjunto de datos GAGE-B (8 bacterias divididas en 12 ensamblajes secuenciados en Illumina HiSeq y MiSeq) se realizó con el ensamblador SPAdes (De Bruijn Graph) y el ensamblador Fermi (OLC). La tubería se aplicó a los contigentes resultantes y el rendimiento se comparó con otras herramientas similares como HS-BLASTN, Simplifier y CD-HIT. La aplicación propuesta puede generar resultados complementarios y ayuda a unir estos resultados, haciendo el montaje más preciso.
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El libro está escrito en Español.
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