Walter y la lluvia de semillas relata la historia de Miya, una adolescente que comienza a tener extraños sueños donde escucha la voz de Walter, un longevo árbol de shihuahuaco con quien forjó una hermosa amistad cuando era pequeña. Él se comunica con ella para pedirle ayuda, pues se encuentra en grave peligro. Miya, sin saber qué ocurre exactamente, regresará a la comunidad de Madre de Dios donde creció y podrá ver el daño que la tala indiscriminada le ha hecho a su amigo y al bosque. Además, encontrará también en estado de vulnerabilidad a un añuje, un águila arpía y una mariposa azul que eran protegidos por Walter. Lo que ella no sabe es que si ha llegado ahí es porque él va a encargarle una misión trascendental.