La Carta de Sor Filotea expresa la admiración que el obispo de Puebla siente por Sor Juana, pero al mismo le recrimina que no emplee su enorme talento en cuestiones teológicas, sino que lo use en temas profanos. Aunque no se declara en contra de la educación de la mujer, sí manifiesta su inconformidad con la falta de obediencia que podrían demostrar algunas mujeres ya educadas. Por último, le recomienda a la monja seguir el ejemplo de otros escritores místicos que se dedicaron a la literatura teológica, como Santa Teresa de Ávila o San Gregorio Nacianceno.