Uno de los mayores problemas que Justiniano tuvo que abordar en relación con su política religiosa es el referido a la cuestión monofisita, de la que tratamos en el Capítulo II del presente estudio, titulado "La controversia de los "Tres Capítulos"", donde se analizan con esmero una serie de acontecimientos que llevaron al Papa y al Emperador a posicionamientos enfrentados y que desembocó en un nuevo Concilio V celebrado en el año 553 en la capital del Imperio, que, a nuestro juicio, no cerró adecuadamente las heridas abiertas en la corriente monofisita, ni en la doctrina católica, ni impidió el cisma de parte de algunas Iglesias occidentales, como tendremos ocasión de constatar en el Capítulo III. El edicto de los "Tres Capítulos", promulgado por Justiniano en el año 543, o 544, es una de las consecuencias de la disputa cristológica habida entre el nestorianismo (o difisismo) -que defiende la radical separación entre las naturalezas divina y humana de Cristo- y el monofisismo -que sostiene que la naturaleza humana y la naturaleza divina de Cristo se confunden en una sola, como unión hipostática de Dios y el Verbo.