En Conan Edogawa és un petit detectiu que amaga un gran secret: en realitat és en Shinichi Kudo, un detectiu famós que anava a batxillerat, però una organització misteriosa li va administrar una droga que el va fer tornar petit. Ara, tot ocultant la seva autèntica identitat, viu a casa de la noia que li agrada, la Ran, que a més és una gran karateka. D'altra banda, la casa també és l'agència de detectius del pare d'ella, en Kogoro Mouri.