La misión Ciencia, Educación y Desarrollo estableció cuatro núcleos problemáticos para comprender la problemática educativa del país: la calidad de la educación, el predominio de la instrucción, el descuido de los valores y principios y el olvido de las organizaciones. Un proyecto centrado en el tema de la autonomía institucional, tomando como ejes la evaluación, el manejo de conflictos y la consolidación de consejos académicos institucionales y locales como centros de construcción de conocimiento, puede constituirse en una estrategia para empezar a solucionar las situaciones que tienen que ver directamente con estos cuatro núcleos problemáticos.